Sanger o NGS: cuándo conviene cada una
La secuenciación Sanger y la de nueva generación no compiten: responden a preguntas distintas. Cómo elegir y cuándo la más barata sale cara.
Se oye a menudo que Sanger «ya está superada» por la secuenciación de nueva generación. Es una media verdad que lleva a pagar de más en unos casos y a no tener resultado en otros. Las dos técnicas siguen conviviendo porque resuelven problemas diferentes.
Qué hace cada una
Sanger lee un fragmento por reacción. Cada tubo contiene un único producto de PCR o un único plásmido, y la lectura sale en forma de cromatograma, con un pico de color por cada base. Con buena calidad llega a unas 800–1.000 bases, y en esa zona buena es muy precisa.
La secuenciación de nueva generación (NGS) lee millones de fragmentos a la vez. No se pide una secuencia: se pide una cantidad de datos, y de ahí se reconstruye lo que se busque. En las plataformas de lecturas cortas habituales cada lectura mide unos 150–300 bases, pero hay millones.
Sanger responde a una pregunta sobre una secuencia concreta. La NGS responde a preguntas sobre muchas secuencias, o sobre secuencias que no se conocen de antemano.
Cuándo Sanger es la herramienta correcta
- Identificar un aislado por 16S, ITS, COI o rbcL: un organismo, un amplicón.
- Confirmar un clon o un plásmido antes de seguir con el experimento.
- Comprobar una variante ya conocida en pocas muestras, por ejemplo una mutación que ya se detectó por otra vía.
- Verificar el resultado de una edición o de una PCR dirigida.
En todos esos casos la pregunta es pequeña y la respuesta cabe en un fragmento. Montar una corrida de NGS para eso es gastar un cañón en un mosquito: más caro por muestra, más lento y con un análisis bioinformático que Sanger no necesita.
Cuándo hace falta NGS
- Hay muchas muestras o muchas regiones. A partir de cierto número, el coste por base de la NGS es tan bajo que sale más barata que repetir Sanger decenas de veces.
- No se sabe qué se va a encontrar: una comunidad microbiana, un genoma nuevo, una muestra ambiental.
- Hace falta detectar variantes poco frecuentes. En Sanger una variante presente en menos de aproximadamente el 15–20 % de las moléculas se pierde en el ruido del cromatograma. Con NGS y profundidad suficiente se detectan frecuencias mucho más bajas.
- La muestra es una mezcla. Sanger necesita un solo producto: si hay dos, los picos se superponen y la lectura es ilegible. La NGS separa cada molécula por su cuenta.
La trampa del «es más barato»
La comparación se hace casi siempre mal, porque se miran precios por muestra sin mirar lo que cuesta cada técnica para esa pregunta.
- Pocas muestras: Sanger gana. Una corrida de NGS tiene un coste fijo alto que se reparte entre las muestras que entren, y con pocas no se diluye.
- Muchas muestras: la NGS gana, a veces por mucho, porque ese coste fijo se reparte entre todas.
- El punto de cruce depende del caso. Cuántas muestras, de qué tipo y con cuánta profundidad. No existe una cifra mágica; existe un cálculo para tu proyecto.
Y hay un coste que no aparece en ninguna de las dos cotizaciones: el análisis. Un cromatograma se revisa a ojo y se edita en un rato. Una corrida de NGS entrega millones de lecturas que no significan nada hasta que alguien las procesa.
Y las lecturas largas
Existe una tercera familia, la de lecturas largas (nanoporos, PacBio), que leen fragmentos de miles o decenas de miles de bases de una vez. Son la respuesta cuando el problema es de estructura: ensamblar un genoma completo sin huecos, resolver repeticiones o reordenamientos grandes, o leer el gen 16S completo para ganar resolución taxonómica.
No sustituyen a las otras dos. Tienen su propio perfil de error y su propio coste, y se eligen cuando el problema lo exige, no por ser lo más reciente.
Cómo decidir en dos preguntas
1. ¿Sé qué secuencia voy a leer? Si es una sola y está claro cuál, Sanger. Si es desconocida o son muchas, NGS. 2. ¿Cuántas muestras tengo? Pocas empujan hacia Sanger; muchas, hacia NGS.
Si las respuestas apuntan a sitios distintos, o el proyecto crecerá con el tiempo, merece la pena plantearlo antes de gastar. Puedes ver el alcance en secuenciación y ómicas, identificación molecular y genómica microbiana, o escribirnos con la descripción de tu proyecto.