Por qué dos cotizaciones de secuenciación pueden diferir diez veces, qué preguntar antes de comparar precios y dónde está el coste que nadie menciona.
Pedir tres cotizaciones de secuenciación y recibir tres cifras muy distintas es lo normal, y casi nunca significa que alguien esté cobrando de más. Significa que no están cotizando lo mismo. Estas son las variables que mueven el precio, en orden de peso.
Es el factor dominante. La secuenciación se vende, en el fondo, por cantidad de datos generados, y esa cantidad sale de multiplicar dos cosas: el tamaño de lo que se quiere leer y la profundidad con la que se lee.
Entre el primero y el último hay seis órdenes de magnitud. Por eso «una secuenciación» no es una unidad de medida: identificar una bacteria por Sanger y secuenciar un genoma humano completo se parecen tanto como un análisis de sangre y una resonancia.
La profundidad multiplica eso. Un genoma humano a 30x significa generar unas treinta veces su tamaño en datos. Subir a 60x duplica el coste de la corrida sin cambiar nada más. Por eso fijar la profundidad por encima de lo que la pregunta exige es de las formas más caras de no ganar nada.
Aquí está el ahorro que más gente desaprovecha. Una corrida de secuenciación tiene un coste fijo alto, y ese coste se reparte entre las muestras que entren en ella.
Las muestras se marcan con índices —etiquetas moleculares que identifican de qué muestra viene cada lectura— y se mezclan en la misma corrida. Diez muestras en una corrida no cuestan diez veces lo que una: se acercan mucho más al coste de una sola, repartido.
Secuenciar de cinco en cinco, en tandas, casi siempre sale mejor que secuenciar de una en una según van llegando.
Si tu proyecto va a generar muestras durante meses, merece la pena planificar las tandas desde el principio en lugar de mandarlas a medida que aparecen.
Antes de leer nada hay que convertir el ADN en algo que la máquina pueda procesar: fragmentar, reparar extremos, pegar adaptadores, a veces amplificar. Eso son reactivos caros y horas de trabajo especializado.
No todas las preparaciones cuestan lo mismo. Una librería de amplicones es sencilla; una de RNA-seq requiere retrotranscripción y, muchas veces, eliminar el ARN ribosomal, que por sí solo puede ser un tercio del coste de la muestra. Las técnicas que capturan regiones concretas —exomas, paneles— llevan sondas de captura que también se pagan.
Este es el que más se omite en las comparaciones, y el que más disgustos da.
Una cotización puede terminar en «entrega de datos crudos». Eso es un archivo con millones de lecturas y ninguna conclusión. Entre ese archivo y una respuesta hay control de calidad, recorte, alineamiento o ensamblaje, llamada de variantes o cuantificación, anotación e interpretación. Ese trabajo existe, lleva tiempo y cuesta dinero: si no está en el presupuesto, lo vas a pagar después, en otro sitio o con tus propias horas.
Cuando compares dos cotizaciones, lo primero que hay que igualar es hasta dónde llega cada una.
Una muestra en buen estado entra directa al flujo. Una que llega degradada, contaminada con inhibidores o con muy poco material obliga a repetir extracciones, limpiar, concentrar o, a veces, a pedirte otra. Todo eso es tiempo que alguien factura o retrasos que alguien absorbe.
Es el único factor sobre el que tienes control total antes de pedir la cotización, y el más fácil de arruinar en el transporte.
La urgencia se paga: adelantar una muestra en la cola significa reorganizar tandas. Y si la secuenciación se hace fuera del país, entran envío internacional en frío, trámites y aduanas, con su coste y su riesgo de que la muestra pase tres días a temperatura equivocada en un almacén.
Dos presupuestos solo se pueden comparar si responden a lo mismo. Pide que cada uno diga, por escrito:
Esa lista convierte tres cifras incomparables en tres propuestas que sí se pueden poner una al lado de otra. Y muchas veces la más barata deja de serlo en cuanto se completa lo que le falta.
El mayor ahorro no está en negociar el precio: está en no comprar lo que no necesitas. Si con identificar el género basta para la decisión que vas a tomar, un genoma completo es dinero tirado. Si vas a comparar dos tratamientos, tres muestras sin réplicas son dinero tirado también, porque el resultado no va a sostener ninguna conclusión.
Cuéntanos qué organismo es y qué quieres responder, y te decimos qué modalidad corresponde antes de hablar de números. Puedes ver el alcance en secuenciación y ómicas y en reportes bioinformáticos, o escribirnos con la descripción del proyecto.