Las dos leen comunidades sin cultivar, pero responden preguntas distintas y cuestan muy distinto. Qué ve cada una y dónde está su límite.
Las dos técnicas parten de lo mismo —una muestra ambiental sin cultivar— y acaban diciendo quién vive ahí. Ahí terminan los parecidos. Confundirlas lleva a pagar de más o, peor, a pagar menos y no obtener la respuesta.
En metabarcoding se amplifica por PCR una región concreta del ADN —el 16S en bacterias, el ITS en hongos— y se secuencia solo esa región en todas las muestras a la vez.
Es como pasar lista leyendo un solo apellido: basta para saber quién está y en qué proporción, y es muy eficiente porque se lee un fragmento corto en lugar de genomas enteros.
Qué te da:
Qué no te da: qué hace esa comunidad. Existen herramientas que predicen funciones a partir de la taxonomía, pero son eso, predicciones basadas en lo que suelen hacer los parientes conocidos, no genes observados en tu muestra. Es legítimo usarlas si se presentan como lo que son.
En metagenómica no se amplifica nada. Se fragmenta y se secuencia todo el ADN presente, venga de donde venga.
Qué te da además de lo anterior:
El metabarcoding tiene sesgo de cebadores. Ningún par de cebadores amplifica igual de bien a todos los organismos: algunos se sobrerrepresentan y otros directamente no aparecen. Las abundancias que salen son relativas y están deformadas por ese sesgo. Comparar entre muestras procesadas igual es válido; leer una abundancia como si fuera un recuento absoluto, no.
La metagenómica tiene un problema de proporción. Si la muestra lleva mucho ADN del hospedador —tejido animal o vegetal— la mayor parte de la corrida se gasta leyendo al hospedador y no a los microbios. En una muestra donde el 90 % del ADN no es de interés, hay que secuenciar diez veces más para obtener lo mismo. Existen métodos de agotamiento del hospedador, y tienen su propio coste y su propio sesgo.
Un amplicón son unas cientos de bases por lectura y decenas de miles de lecturas por muestra. Un metagenoma necesita miles de veces más datos para describir la misma comunidad con solvencia.
Con el presupuesto de un metagenoma se hacen muchos metabarcodings. La pregunta es si el metabarcoding responde a lo que necesitas.
Esa diferencia tiene una consecuencia práctica importante: con metabarcoding puedes permitirte muchas muestras, y las muestras son lo que da poder estadístico. Con metagenómica sueles poder permitirte pocas, y pocas muestras describen muy bien poco.
Ese tercer caso se pasa por alto a menudo. Si la pregunta es «¿está presente este patógeno?», secuenciar la comunidad entera para buscarlo es el camino largo.
En proyectos con presupuesto acotado suele rendir más combinar las dos: metabarcoding en todas las muestras para tener el panorama y la estadística, y metagenómica en unas pocas seleccionadas a partir de ese panorama —las más extremas, las más interesantes, las que marcan la diferencia entre tratamientos.
Así se obtiene la comparación con respaldo estadístico y el detalle funcional donde de verdad aporta, sin pagar el detalle en muestras que solo servían para contar.
El flujo completo de amplicones está en metabarcoding 16S / ITS, y el trabajo con genomas y funciones en genómica microbiana y análisis de secuencias. Si el diseño todavía está abierto, es el momento de decidirlo.