En los géneros que más daño hacen en campo, ITS no llega a especie. Qué genes hacen falta en Fusarium, Colletotrichum, Botrytis y Alternaria.
La región ITS es el barcode oficial de los hongos y resuelve bien la mayoría de los casos. El problema es que los géneros que más pérdidas causan en agricultura están justo entre las excepciones, y ahí un informe que solo trae ITS deja la decisión de manejo sin respaldo.
Dentro de un mismo género conviven especies con comportamientos muy distintos: diferente rango de hospedadores, diferente agresividad, diferente sensibilidad a fungicidas y diferente estatus cuarentenario.
Decir «es un Fusarium» no permite decidir casi nada. Decir qué especie —y en algunos casos qué raza dentro de la especie— cambia por completo el manejo, el pronóstico y las obligaciones legales.
Es el caso más claro. La región ITS no discrimina dentro de los complejos de especies de Fusarium, y el género está lleno de complejos.
El marcador de referencia es el factor de elongación de la traducción 1-alfa (TEF1-α), que además cuenta con bases de datos especializadas y bien curadas para el género. Para trabajos más finos se añade RPB2.
Hay un caso que en el Perú merece mención aparte: Fusarium oxysporum f. sp. cubense raza 4 tropical (TR4), el agente del marchitamiento del banano, detectado en el norte del país en 2021. Es un organismo de importancia cuarentenaria, su diagnóstico se hace con marcadores específicos y con protocolos establecidos, y cualquier sospecha debe comunicarse a SENASA. No es un análisis que se resuelva con un ITS ni una identificación que convenga manejar por cuenta propia.
Responsable de la antracnosis en palto, mango, cítricos y muchos otros cultivos, es un género que la taxonomía moderna ha reorganizado en complejos de especies muy próximas entre sí.
ITS por sí solo no separa dentro de esos complejos. El estándar es un análisis multilocus, que según el complejo combina ITS con GAPDH, ACT, CHS-1, TUB2 y a veces otros. Lo que antes se llamaba genéricamente Colletotrichum gloeosporioides resultó ser, al mirarlo con varios genes, un conjunto amplio de especies distintas.
En Botrytis, la mayoría de los casos en poscosecha son B. cinerea, pero distinguirla de especies próximas requiere genes como G3PDH, HSP60 o RPB2. Importa cuando se investigan diferencias de agresividad o de resistencia a fungicidas.
En Alternaria, ITS es especialmente poco informativo: el género tiene una variabilidad muy baja en esa región. Se recurre a marcadores como la endopoligalacturonasa (endoPG) o Alt a 1, y la identificación se apoya también en caracteres morfológicos, que en este género siguen aportando.
Si el resultado va a sostener una decisión de manejo, un registro o una publicación, el informe tiene que permitir comprobarlo:
Un informe que diga solo «Colletotrichum sp., 99 % de identidad» no es incorrecto, pero tampoco es accionable: con eso no se decide un programa de control.
Puedes ver el alcance en identificación molecular y en filogenia molecular. Si no sabes qué marcadores pedir para tu caso, es exactamente la conversación que conviene tener antes de enviar nada.